The 100 seizoen 3

Het derde seizoen begint drie maanden later. De neergestorte Ark is intussen opgebouwd tot een nederzetting, genaamd Arkadia. Mede met spullen uit Mount Weather is het wrak een thuis geworden voor Skaikru. Nu de vijanden uit Mount Weather zijn verslagen, duurt het niet lang alvorens een nieuwe vijand in zicht komt: de artificiële intelligentie A.L.I.E. doet er alles aan om mensen naar de City of Light te krijgen, een simulatie van de werkelijkheid waar geen leed en pijn is. Iedereen die een chip inneemt, kan deze plek bereiken en is dan onder controle van A.L.I.E. De situatie wordt drastisch wanneer ook de Grounders geïnteresseerd raken in de City of Light en er haast niemand meer overblijft die niet gechipt is. Clarke doet er alles aan om A.L.I.E. te stoppen. Ze komt te weten dat de commandant, de leider van de Grounders, niet door een verkiezing wordt gekozen, maar wel door het bloed dat hij of zij heeft. Als een toekomstige commandant zwart "nachtbloed" heeft, kan deze de tweede versie van het A.L.I.E.-programma tot zich nemen. Deze A.L.I.E. 2.0 is een chip die alle geesten en gedachten van de vorige commandanten bevat en uitgevonden is door de eerste commandant, genaamd Becca Franco.

Ondertussen richt zich onder leiding van Charles Pike een groep op die de grond van de Grounders wil bemachtigen om er landbouwgrond van te maken. Ook Bellamy sluit zich hierbij aan. Wanneer Lincoln door Pike wordt geëxecuteerd vanwege zijn verleden als Grounder, komt hij echter tot inkeer en keert hij zich tegen Pike. Uiteindelijk wordt Pike gevangengenomen en werkt hij samen met de resterende mensen die niet gechipt zijn. Nadat Clarke erin slaagt om A.L.I.E. te verslaan door zelf een chip te nemen en alles uit te schakelen, wordt Pike alsnog gedood door Octavia als wraak voor Lincoln. Vlak voordat A.L.I.E. uitgeschakeld werd, vertelde ze aan Clarke dat alle kernreactoren een meltdown zullen hebben en de aarde opnieuw onleefbaar zal worden door dodelijke straling.